En 1607, nace el primer hijo de Yagyu Tajima No Kami Munenori, Yagyu Shichiro, quien años después cambiara su nombre a Yagyu Jubei Mitsuyoshi.
Jubei creció en las tierras ancestrales de Yagyu No Sato, ahora prefectura de Nara. Su padre, había peleado para el primer Shogun Tokugawa, (Ieyasu), y por sus esfuerzos, fue tomado como instructor personal del Shogun, y le fue otorgado un titulo como Daymio menor.
Yagyu Munenori fue un padre estricto, amante de la perfección, que exigía a sus hijos de manera sistemática.
Durante el entrenamiento juvenil de Jubei, este se encontraba practicando una técnica de salto, que no lograba dominar; enfadado, su padre apuntó una espada real hacia él. Al fallar en su giro, la punta de la espada golpeó el ojo izquierdo de Jubei, quien quedó tuerto alrededor de los quince años de edad.
En 1616 Yagyu Jubei entró como un humilde mozo al servicio de la corte del segundo Shogun Tokugawa, Tokugawa Hidetada, función que desempeñaría hasta que, cerca de los dieciocho años, se convirtiera en instructor personal de esgrima del tercer Shogun Tokugawa, Tokugawa Iemitsu cumpliendo eventualmente el rol de su padre. La imagen del joven tuerto inquietaba a Iemitsu, quien pidió a Jubei cubriera su ojo muerto, lo cual hizo empleando una Tsuba (guardamanos de espada) que le acompañaría por el resto de sus días.
Después de varios años de servicio, comienza una época oscura en la vida de Jubei, quien es aparentemente es despedido por el Shogún en 1631. Las versiones acerca de su despido, se multiplicaron entre el pueblo y la corte, Algunos aseguraban que el carácter modesto y directo de Jubei, le llevó a tener problemas con Iemitsu. Otros juraban que después de encontrarlo ebrio en el castillo de Edo, el Shogun le corrió a puntapiés, obligándolo a dirigirse a su pueblo natal para entrenar y enmendar su camino. Sin embargo, ambas versiones, caen al suelo, al consultar el Kansei Choshushokafu, documento en el que toda falta de un samurai era registrada así como la penalidad que se le imponía por ella. Esta podía ir desde el destierro hasta el Sepukku, (suicidio ritual). En este documento, no existe ni una sola línea sobre Jubei, lo que valida una historia que se difundió a la muerte del mismo. La historia cuenta que después de haber aprendido los secretos del arte oscuro del Ninjutsu, Yagyu Munenori decidió transmitir ese conocimiento a uno de sus hijos, sin embargo, el “afortunado” no fue ninguno de sus hijos legítimos, si no un hijo bastardo que tuvo durante su juventud, Yagyu Tomonori, que se convirtió en el líder de una banda dedicada a labores poco honorables. Munenori era un anciano, que aunque saludable, no se hallaba en condiciones de instruir al joven Jubei, quien solicitó al Shogún le permitiera abandonar su labor en el castillo para buscar al otro poseedor del conocimiento que tanto había servido a sus dos antecesores. Con la intención de usar ese conocimiento en su beneficio, Iemitsu accedió, sin embargo, esto no podía hacerse del conocimiento público, así que optaron por la farsa del despido.
Jubei busco a Tomonori, para que le instruyera en ese arte oscuro de los Kagemusha (Guerreros de las sombras). Yagyu Tomonori aceptó instruir a Jubei a cambio de que realizara algunos trabajos sucios para él y su grupo, además de hacerle prometer que conseguiría ciertas prerrogativas del emperador para los intereses de él y su banda. Jubei accedió, y dedicó mas de un lustro a su entrenamiento, después del cual, y antes de regresar a Edo, realizó labores de espionaje por todo el archipiélago, recopilando información para su señor Iemitsu. Sus viajes le convirtieron en leyenda, pues su huella quedaba claramente estampada en su camino.
En el año 1638, después de doce años de ausencia, y tras haberse convertido el mejor espadachín del clan Yagyu,
Jubei hace su reaparición en la corte del Shogun Iemitsu, ante quien realiza acompañado por su anciano padre, su hermano Munefuyu y un amigo de la familia, Kimura Sukekuroen una exhibición memorable. Al término de la misma, Jubei es reinstalado en su puesto y le es concedido un titulo de Daymio Menor como a su padre años atrás.
Después de su reinstauración, Yagyu Jubei sirvió como Inban, (una especie de inspector gubernamental) y a la muerte de su padre en 1646 (a la edad de 80 o 78), tomó el mando de los dominios familiares, Munenori había amasado una fortuna por demás cuantiosa que rallaba los 8,300 koku, mismos que fueron divididos entre sus hijos.
Su hermano Munefuyu, el más joven recibió 4,000 koku, y su otro hermano, Retsudo (Yagyu Gisen Rokuro Retsudo), quién se hizo un sacerdote al templo familiar de Hotokuji, recibió una porción de 200 koku, sin embargo, Tomonori “El Bastardo” fue olvidado durante la repartición de la herencia.
Yagyu Munenori tuvo dos hijas, lo cual, ponía en riesgo la transición familiar, sin embargo, a él esto no le importó, y tres años después de su regreso a Edo, a la edad de 36, Jubei escribió un tratado militar que validó su sucesión de la rama Yagyu de Edo Shinkage Ryu a Tsukimi, su hija mayor, que eventualmente, contraería matrimonio con un miembro del novísimo clan Tanaka.
En ese documento, Jubei discute los métodos de su escuela, sus propios conceptos de algunas de las técnicas, el arte oscuro de los guerreros de las sombras, y algunas de las enseñanzas budistas derivadas del amigo de su padre, el sacerdote Takuan Soho.
El “Nanki” las notas históricas de “Tokugawa Shi” menciona que el Yagyu Shinkage-ryu era conocido por su filosofía de “Ganar Tomando La Iniciativa” Sin embargo, Yagyu Jubei dominó esta técnica llevándola a niveles insospechados, lo que le permitía anticiparse a los movimientos de su adversario que era irremediablemente abatido.
Después de algunos años de vivir en Edo, Jubei dejó sus deberes civiles y regresó a su pueblo natal. Donde, repentinamente, a la edad de 44 años, el día 21 del tercer mes lunar del año 1650, murió, en circunstancias por demás extrañas. Algunos pergaminos dicen que murió en su hogar, pero la versión mas confiable dice que falleció en un pequeño pueblo llamado Oh-kawahara Mura, cerca de su casa de Yagyu No Sato, sitio en el cual, habitaba Yagyu Tomonori su medio-hermano mayor.
Algunos aseguran que la muerte fue a causa de una falla cardiaca o un golpe, pero la leyenda asegura que murió después del ataque de un halcón de caza con las garras envenenadas (práctica ninja muy común en esa época), propiedad de Yagyu Tomonori y su séquito, quienes jamás recibieron los favores del Shogún prometidos por Jubei.
Jubei fue enterrado junto a su abuelo, Muneyoshi, y recibió el nombre budista póstumo (Homyo) de Sohvaya. El nombre de Yagyu Jubei Mitsuyoshi pudo haberse relegado a la oscuridad de la historia japonesa, de no ser por una serie de narraciones y leyendas que de él cuentan diversos autores y directores de cine, que intentan llenar el vacío de sus años perdidos. Uno de los mas recientes ejemplos de lo anterior, es el desarrollo de la historia alrededor de Yagyu Jubei del libro del autor Fuutaro Yamada: Makai Tenshou (Resurrección Del Infierno) que sitúa a Jubei envuelto en la rebelión de Shimabara de 1637 y 1638. La historia fue eventualmente adaptada en una película en 1981, dirigida por Kinji Fukasaku, quien después dirigiría la cinta de culto “Battle Royale”. La historia de Makai Tenshou fue también llevada al manga como: Makai Tenshou: Yume No Ato (Resurrección Del Infierno: Señal De Sueños). A su vez, este fue adaptado en dos cintas de anime (planeadas originalmente para ser cuatro) con el nombre de Makai Tenshou Jigokuhen, lanzado después en los Estados Unidos como “Ninja Resurrection”.
Yagyu Jubei también es destacado en otra manga y anime de historia épica, llamado “Lone Wolf & Cub” (Lobo Solitario y su cachorro), y en la parodia moderna Jubeichan (donde una muchacha joven de tiempos modernos se vuelve la sucesora del clan de Yagyu de 300 años de existencia). También se crearon Varias otras cintas sobre él, incluso Darkside Reborn en el que Sonny Chiba lleva el rol de Jubei.
